جمال الدين كان عضواً في المجلس السيادي الذي تولى شؤون البلاد بموجب اتفاق لتقاسم السلطة مدته 39 شهراً مع حكومة مدنية بعد الإطاحة بالرئيس السابق عمر البشير.
فيما تم اختياره ليكون وزيراً للدفاع ضمن التشكيل الوزاري الجديد في الحكومة الانتقالية.
ترقى عمر، بعد أربعة أيام من عزل الرئيس المخلوع عمر البشير، إلى رتبة الفريق أول ليكون ضمن قيادة الجيش الجديدة.
ويشغل منذ مارس/آذار 2017 منصب رئيس هيئة الاستخبارات العسكرية.
خلال وجوده ضمن المجلس العسكري، شغل عمر منصب رئيس لجنة الأمن والدفاع بالمجلس، قبل حله في 18 أغسطس/آب 2019، بتكوين مجلس السيادة.في 23 مايو/أيار 2019 أصدر رئيس المجلس العسكري عبدالفتاح البرهان مرسوماً دستورياً، عُين بموجبه الفريق عمر عضواً بالمجلس السيادي الانتقالي ورئيساً للجنة الأمن والدفاع.